Si quiere hacer un comprobante de pago de un proveedor pero no lo muestra, debe revisar que el proveedor este asociado a la empresa en la que desea pagar:

Para esto vaya a Mantenedores / Clientes y Proveedores y busque el Proveedor, posteriormente seleccione la pestaña empresa:

Y asocie el proveedor, de esta manera podrá contabilizar el pago.